猫咪衣原体的感染主要会引起眼睛以及上呼吸道感染，通常情况下从一个眼睛开始，5至7天后另一个眼睛开始表现临床症状，同时猫咪可能会出现嗜睡、打喷嚏、眼鼻分泌物增多、暂时性发热以及厌食等情况；
对于新生小猫咪临床上结膜炎最早可见到的症状是其正常发生于7至10日龄的眼睑开放延迟或关闭眼睑膨胀，应注意与其它呼吸道感染做区分，其中包括：疱疹病毒、杯状病毒、支原体、博氏杆菌等做区分。支原体感染的猫咪药物治疗周期也很长，治疗过程中也需要宠主的坚持。建议养猫咪的家庭家里要随时通风保持清洁卫生，定期体检，做到早发现早治疗。