鹰嘴龟的亚种包括中国种、中国云南种、越南种和泰国种等。
中国种：腹甲呈黄色，无任何斑纹。背甲中央有一不太明显的龙骨，后缘呈锯齿状，至于背甲上的年轮则不太清晰。头部由十分发达的兜状鳞甲所保护。
中国云南种：与中国的鹰嘴龟相比，云南的鹰嘴龟体型更大，龟甲、四肢根部及尾部下方等位置均呈黄色，且布有许多橘黄色或粉红色斑点。
越南种：越南的鹰嘴龟体型比中国种的大，龟甲、四肢根部及尾部下方等位置均呈黄色，且布有许多橘黄色或粉红色斑点。
泰国种：泰国鹰嘴龟的最大特征就是黄化，像块黄玉一般，头部花纹明显，一般眼后无黑色带，有明显龙骨，缘盾锯齿状不明显，背甲年轮明显，腹甲有黑斑，裸眼明显（兜状鳞甲不覆盖住眼睛），有明显丰字纹。